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2011年4月，为更大范围地提倡社区群众参与生物多样性保护和监测巡护，用地球之声跨年晚会所募集的资金，基金会启动了第二期巡护项目。
基金会采取小额赠款的形式，通过网络等方式向社会广泛征集项目申请书。截止2011年5月，共收到来自保护区、社区基层组织、协会等23份申请书。
基金会通过开展自评和专家评审的方式对申请书进行了评审。基金会按照申请指南和项目设计要求，对申请书进行初步筛选，然后邀请云南电视台（1人）、省林业厅保护办（2人）、大自然保护协会（3人）以及基金会（3人）组成专家评审小组，对基金会初步筛选出的11份申请书进行了逐项审核、打分，综合专家评审分数、完善意见以及项目申请设计，最后决定资助以下5个项目：
根据专家的评审意见，基金会与5家申请单位共同修改和完善实施方案，除了老君山巡护项目外（由于整合其他机构的资金，时间稍微延后），基金会与其他四家合作单位签订了捐赠协议。
目前，这四个项目正在顺利的开展，其中：
云岭兰坪红豆杉巡护项目：目前，已经完成红豆杉本底调查、村民大会召开、巡护队建立及培训、巡护线路制定等活动，巡护队正在开展野外监测巡护的过程中；
高黎贡山羚牛巡护项目：目前，已完成村民大会召开、巡护队建立及培训、社区环境教育、巡护线路制定等活动，巡护队正在开展野外监测巡护的过程中；
白马雪山米腰社区巡护项目：目前，已开展村民大会召开、巡护队建立以及培训、光叶珙桐育苗技术培训、社区环保知识竞赛、巡护线路制定等活动，巡护队正在开展野外监测巡护的过程中；
云龙天池巡护项目：目前，已开展村民大会召开、巡护队建立以及培训、巡护线路制定等活动，巡护队正在开展野外监测巡护的过程中。
老君山巡护项目：目前，正在与资金整合方共同讨论项目实施方案及捐赠协议，预计2012年4月份能签署，届时，将按照实施方案开展活动。
